手術室淨化工程就其控製對象來說，共分兩種，一種為工業潔淨室，另一種為生物潔淨室。工業潔淨室室以控製非生物微粒的汙染為主要任務，而生物潔淨室，則以控製生物微粒的汙染為主要任務。但是，非生物微粒還是生物微粒，在空氣淨化技術領域都被看做微粒，都具有微粒的屬性，這在淨化領域中是需要避免的，而手術室淨化工程對這類微粒控製的途徑主要體現在以下幾個方麵。
1.有效的阻止室外的汙染侵入室內，這是手術室淨化工控製汙染的最主要途徑，主要涉及空氣淨化處理的方法、室內的壓力等。
2.迅速有效地排除室內應經發生的汙染，這主要涉及室內的氣流組織，也是體現潔淨室功能的關鍵。
3.控製汙染源，減少汙染發生量，這主要涉及發生汙染的設備的設置與管理和進入潔淨室的人與物的淨化。前者多屬於工藝問題。
手術室淨化工程是有著嚴格的保證和要求，主要有以下幾點:
（1）進入手術室必須更換洗手衣褲、鞋帽。
（2）嚴格控製入室人數。
（3）盡量減少手術室的開門次數與時間（更不可將門打開不關），維持"相對密閉狀態"，以防外來汙染的進入。
（4）手術前用酒精擦拭室內物品、醫療程儀器、設備等。
（5）術後及時、徹底清潔室內所有物品、牆壁及地麵。
（6）婦女女員工不可用粉、頭發噴霧劑和指甲油之類的化妝品，以減少汙染來源。
（7）工作服應選用不易產生靜電、不易脫落纖維的滌綸和尼龍織物。
（8）定期檢測層流係統功能狀態，測試手術室環境空氣潔淨度指標和細菌培養等。總之，使用手術室淨化工程，強化無菌觀念和正規化管理仍然是醫療程安全的根本保證與要求，仍然是層流淨化手術室工作之根本、之重點，隻有當兩者緊密結合起來才是趨於完美的。
