地麵裝修：由於一般送風係統的回風口多位於房間下部，再加上醫護人員在地板上的走動和各種設備的移動，所以導致地麵的汙染度比牆和吊頂要高得多，大量塵粒由地麵產生故引起安徽人和環境重視。
地麵材料要求平整、耐磨、防滑、耐腐蝕（酸、堿、藥）、易清洗、不起塵及不開裂裝飾材料，國內常采用現澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電、易清洗之長，但不宜采用過氧乙酸稀釋液洗消，否則會與堿性的水泥起反應導致麻麵，水磨石宜用425號或以上水泥，石子粒徑5——15mm，以防止開裂、掉石子、起砂，瓷磚、馬賽克（陶瓷錦磚）等接縫較明顯的材料在某些低級別的潔淨手術室中也有應用，但一般不推薦。
較高檔的地麵裝修可選用橡膠、聚胺脂塗料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫療手術環境中，都采用了彈性塑膠卷材作地麵材料。它最顯著的優點，就是少接縫（通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料製成），可避免汙物及細菌的堆積，另外，它還具有耐汙易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優點。
百級手術室可選用防靜電、抗菌、防火、耐磨的橡膠地板、淡黃色PVC地板；千級、萬級手術室可選用米黃色水磨石板或人造石地板。但需要注意的是無論選擇橡膠地板或人造石地板以及水磨石地板，地麵與牆體都要聯成一體，成R40的圓弧陰角進行處理。
在垂直層流手術室，如采用地麵或地溝回風，回風部位應選用塊狀活動隔柵地板；地麵不宜設地漏，否則應有防室內透空氣汙染措施——如設置高位水封地漏。
牆麵裝修：新建潔淨手術室，牆體一般都采用輕鋼龍骨隔牆構造，方便手術室所用的各種管線及牆上固定設備的暗裝。牆麵裝修麵層應采用硬度較高、整體性好、拚縫少、縫隙嚴密，具有保溫、隔熱性能裝飾材料。近年來比較常見的有不鏽鋼板、鋁合金板（為了防止炫目均應做成亞光麵）、彩色鋼板和其它複合型板材。牆麵一般要求垂直地麵，但也有專家建議，牆麵可內傾3度，不僅可減少積塵，而且可使光線反射的角度有利於醫護人員操作。
拚縫處理采用密封膠，並且結合送、回風口、觀察窗、嵌入式觀片燈、消毒櫃、開關接口以及牆上固定的器械櫃、藥品櫃等將牆麵組合成整體，盡量減少凸凹麵和接縫。
另外，在我國許多中小醫院低級別潔淨手術室的新建或改建工程中，可因地製宜，選用瓷磚到頂的方法，但易使用直角形瓷磚，以避免瓷磚的小圓角拚縫處積灰和不易清潔滋生細菌的不足。
無菌區牆麵可采用600×600mm淡綠色瓷磚一通到頂。踢腳板宜凹進牆麵1cm，並與地麵成為一體，陰角半徑為40mm圓角。通道兩側及轉角處牆上應設二道防撞板。
頂麵裝修：頂棚底麵需布置與安裝高效過濾送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均應隱藏在頂棚內。故頂麵裝修是潔淨手術室裝修中的重點之一，可選用輕鋼龍骨600×600mm乳白色彩鋼淨化板等大塊體麵板吊頂為宜，由於吊頂上風管等振動影響較多，故建議控製振動脫落比控製材料表麵硬度更為重要。吊頂材料宜采用密封膠灌縫或用壓條處理，使之形成整體防止上部空間灰塵通過縫隙汙染氣流。
另外還有一種硬吊頂的做法，即直接在鋼筋混凝土樓板底麵按潔淨度要求進行裝修，較適合在層高較低的手術室中應用。在鋼筋混凝土頂板下用硬塑料板貼麵處理（在現澆鋼筋混凝土樓板時，作為模板一次打入板底）。硬頂做法的特點是強度高，上人和安裝檢修均方便，但自重大，送風口和燈具在安裝時需打孔。施工相對處理較為複雜，優點是不易變更，在做這種吊頂時注意防水尤為關鍵。
潔淨手術室的牆麵與平頂、牆麵與地麵及不同的牆麵與牆麵相交處的陰（陽）角，宜做成小圓角構造（R≥50mm），以避免積塵，方便清掃。也有許多潔淨手術室把牆麵與平頂、牆麵與牆麵相交處用斜板方式連接，更有利於減少積塵，消除氣流渦流區，天花頂麵無影燈為暗裝，可為二級頂麵，二級頂兩側采用電動軌道，自動開合，盡可能減少汙染。
門窗：一般潔淨手術室采用人工照明，不設外窗，認為室外塵菌可以通過窗的縫隙潛入手術室內，而且手術室又不依賴天然采光等條件，故在潔淨手術室設計中一般不設窗戶。但近年根據心理醫學專家研究表明，在無窗的潔淨手術室中，醫護人員及病患者困與外界完全隔絕，都易產生抑鬱、煩躁等不良情緒，不利於手術順利進行（尤其是時間較長的大型手術）
